Четырехбуквенный кодекс: Как штриховое кодирование ДНК может ускорить материальные запасы биоразнообразия

Чтобы оценить, как быстро и эффективно штриховое кодирование ДНК могло помочь в определении количества биоразнообразия в крупном масштабе, Институт Биоразнообразия Онтарио сотрудничал с редким Благотворительным Запасом Исследования, 365 + запас гектара земли, расположенный в Онтарио, Канада, в попытке расширить существующий список инвентаря разновидностей запаса. Чтобы дополнить эту скорость в рассмотрении, эти два партнера также использовали ультрасовременные инструменты и места проведения выпуска данных и публикации, чтобы быстро распространить результаты.Обзоры различных сред обитания на запасе проводились более чем четыре месяца и достигли высшей точки в биоблице, в котором делегаты пункта 6-го Международного Штрихкода Жизненной Конференции присоединились к усилию. «Эти эксперты обладают неоценимыми навыками, которые позволили нам определить столько разновидностей», комментирует Анджела Телфер, Университет Гелфа, задним числом. «Это был большой шанс жениться на данных о штриховом кодировании с таксономическими данными и далее нашими усилиями построить справочную библиотеку штрихкода ДНК».Использование штрихового кодирования ДНК, чтобы провести этот инвентарь значительно улучшило скорость, на которой результаты были сделаны доступными общественности.

Для этих 3 502 экземпляров barcoded от биоблица, данные были произведены во впечатляющих временных рамках – образцы прошли lysis, добычу ДНК и PCR, упорядочивание и проверку в течение 72 часов после их коллекции. Пользуясь СМЕЛОЙ справочной библиотекой штрихкода, таксономия была применена, и эти результаты были загружены на Global Biodiversity Information Facility (GBIF) через Canadensys в течение 96 часов после их коллекции.Даже выбор журнала для публикации способствовал быстрому процессу. Подготовка рукописи и подчинение заняли значительно меньше времени из-за платформы письма онлайн и экспертной оценки перед подчинением, предлагаемой Журналом Данных о Биоразнообразии, используемым впервые в этом обзоре.

Это позволило 100 +, соавторы этого исследования ко всем обеспечивают вход, и рецензенты смогли обсудить и прокомментировать бумагу во время авторского процесса. Все данные теперь публично доступны через статью в журнале и различные хранилища выше, и все экземпляры были депонированы в Институте Биоразнообразия коллекции и гербария естествознания Онтарио.

По промежутку четырех месяцев двухинсценированный обзор произвел в общей сложности 28 916 экземпляров barcoded или наблюдал через 14 филюмов, 29 классов, 117 заказов, и 531 семейство животных, растения, грибы и лишайники. В общей сложности 1 102 разновидности были зарегистрированы впервые для заповедника, расширив его существующий инвентарь на 49%.Результаты этой коллекции данных большого объема раскрыли богатое биоразнообразие в таксонах, которые были ранее understudied. Например, не было никаких предыдущих отчетов пауков в запасе, но усилия команды добавили впечатляющую 181 разновидность к списку инвентаря, три из которых были в новинку для области.

«Обзор в редком Благотворительном Запасе Исследования уникален для других исследований в этом в течение четырех месяцев – плюс единственный день сконцентрированного биоблица – больше чем 25 000 экземпляров и 3 500 разновидностей были восстановлены, часто неспециалистами», объясняет Коннор Варн, соавтор на бумаге и специалист у муравьев. «У этой модели оценки есть потенциал, чтобы коренным образом изменить способ, которым мы раскрываем разнообразие в нашем мире. Со скоординированным усилием мы могли осуществить эту модель в парках, заповедниках и запасах во всем мире и сделать очень необходимый шаг в заполнении чистых страниц истории жизни на земле».


Блог Парамона